桂林南药股份有限公司是桂林制药有限责任公司直接控股的子公司。

桂林制药有限责任公司的主体是原桂林制药厂。桂林制药厂执行桂林市政府关于引进外来战略投资者的部署，于2004年3月改制为桂林制药有限责任公司。桂林制药有限责任公司的股东有：上海复星高科技集团有限公司，占股20% ；上海复星医药（集团）股份有限公司，占股40% ；自然人（原桂林制药厂员工），占股40% 。

桂林制药有限责任公司下属的子公司有：桂林南药股份有限公司（桂药占股 94.475 %） ；凤凰江山科技发展有限公司（桂药占股 95 % ）；重庆康乐制药有限责任公司（桂药占股 51.57 %）；桂林澳林制药有限责任公司（桂药占股 49 % ）。

桂林南药股份有限公司下属的子公司有澳大利亚 SGM 公司，桂林南药占股 76.56 % 。